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Esto no quiere decir que haya que copiar estas propiedades. Hay que comparar las propiedades que hay en el despliegue, en gitops, con las que tenemos en local, y en otros entornos si funciona correctamente, y añadir las que falten. En este caso, probablemente no se estuviese mapeando correctamente lo que se recibía de base de datos a la entidad java, pero no saltaba ninguna excepción por ello.

Se generan automáticamente las clases del metamodelo (clases con el nombre de entidad terminado en _)

Si tenemos este comportamiento y no es el que queremos, podemos hacer lo siguiente: en el icono del proyecto, Opción "Build path" > "Configure build path..." en la pestaña "source" he borrado dos entradas que tenía con subdirectorios "generated-sources".