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Las convocatorias y proyectos/contratos podrán tener una serie de fases. Las fases estarán ligadas al proceso de gestión administrativa de la convocatoria o proyecto/contrato dentro de los procedimientos internos de la Universidad. Los responsables de gestión de la investigación de cada universidad decidirán que fases es conveniente reflejar para cada uno de los modelos de ejecución. Ejemplo, para el modelo de ejecución tipo "contrato" se podrán definir fases como "negociación con empresa", "firma de Vicerrector", etc. Las fases son independientes al estado en el que se encuentre cada una de las entidades del flujo de convocatoria-solicitud-proyecto y , que será un estado interno al SGI.
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