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El SGI Hércules es un sistema de acceso vía web que requiere autenticación a través de un nombre de usuario/a y contraseña. En el proceso de autenticación el SGI identifica el permiso o rol asociado a ese nombre de usuario/a a través del que se establece la conexión. En función de este rol se delimitará la visibilidad de unos u otros módulos, así como los permisos con los que se puede acceder a la información de cada uno estos módulos. Los módulos funcionales del SGI son:
- CSP: Es el módulo principal del SGI y será utilizado de manera general por todas las unidades u oficinas de gestión (UGI, OTRE, OPE, etc), además de por el personal investigador. Cubre la gestión de convocatorias, solicitudes, proyectos y contratos y grupos de investigación. El módulo CSP contará con un mecanismo para marcar las convocatorias y proyectos bajo la titularidad de una determinada unidad de gestión. De este modo, la visibilidad de una convocatoria/proyecto/contrato cuya gestión corresponde a una unidad, estará, de forma general, restringida para el resto de unidades. El módulo CSP unifica la gestión de convocatorias, independientemente de su naturaleza. Sobre estas convocatorias se podrán registrar solicitudes, ya sea de manera directa por parte del personal de investigación, ya sea de manera delegada en las unidad de gestión correspondiente. Si bien se implementan tres tipos diferentes de solicitudes, el objetivo del SGI es realizar la gestión con la máxima normalización posible. Las solicitudes concedidas darán lugar a los proyectos, que independientemente de su tipología quedarán agrupados en este mismo módulo, al igual que los contratos y convenios. Los proyectos/contratos/convenios tendrán el correspondiente equipo de investigación, de forma que el personal investigador se incluye en el equipo con un rol determinado. Los proyectos/contratos/convenios contarán con el correspondiente apartado de datos económicos. La gestión económica y contable de los proyectos, estará delegada de manera íntegra en el Sistema de gestión económica (SGE) corporativo. Se entiende por datos económicos todas las operaciones relacionadas con facturación, pagos y cobros, relaciones internas, reservas, modificaciones de crédito, detracciones de costes indirectos, etc. Es fundamental, por tanto, la existencia de un mecanismo de integración entre ambos sistemas. Solo a través de este mecanismo de integración será posible que el SGI disponga de manera detallada de la información necesaria para la realización de la justificación económica de los proyectos.
El módulo CSP incluye la gestión de los grupos de investigación incluyendo el registro de su solicitud de constitución, la identificación de sus líneas y equipos de investigación y manteniendo el histórico de participación de todos sus miembros. Además, los grupos de investigación están directamente relacionados con el módulo de producción científica, aplicando sobre ellos la puntuación de la baremación de acuerdo a la producción científica de sus miembros.
- PRC: Módulo de producción científica. Este módulo centraliza la producción científica oficial de la Universidad, implementado el flujo de validación y la baremación de la misma. Para ello se precisa de integración con el sistema de gestión de CVN corporativo, a través del que el SGI obtendrá los ítems de producción científica baremables. Será un módulo disponible tanto para las unidades de gestión implicadas como para el personal de investigación.
- ETI: Módulo de ética. Implementa los procesos asociados al aseguramiento de los principios éticos en tres ámbitos:
- Investigación con la participación de seres humanos, muestras humanas y/o datos procedentes de población humana que requieren protección.
- Investigación con animales
- Investigación con agentes biológicos de riesgo para seres humanos, animales, plantas y el medio ambiente
El personal de investigación podrá tramitar las solicitudes de revisión por parte del comité de ética de las propuestas de proyecto. La unidad de gestión podrá planificar las reuniones de cada uno de los comités de ética y éstos podrán registrar las evaluaciones y emitir los informes correspondientes. El módulo también da cobertura al proceso de seguimiento y retrospectiva.
- PII: Módulo propiedad industrial e intelectual. Cubre tanto la gestión del producto en sí como de todas las solicitudes de protección realizadas sobre el mismo así como la trazabilidad con los contratos de explotación derivados y el posterior cálculo del reparto de regalías. La trazabilidad con los contratos de explotación se realizará a través del módulo CSP mientras que el cálculo del reparto solo será posible a partir de la correspondiente integración con el Sistema de gestión económica corporativos. Este módulo cuenta además con la posibilidad de configuración de las vías de protección y criterios de reparto.
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Si el submenú está desplegado, el botón de control cambia su aspecto a 
que permitirá replegar el submenú.
Menú de entidad o de segundo nivel
Primer nivel replegado
Primer nivel desplegado
Elemento de primer nivel seleccionado
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Segundo nivel seleccionado
Buscadores y listados
Como norma general las opciones de menú dan paso a la gestión de la entidad que representan (convocatorias, solicitudes, proyectos, etc.). Tras pulsar sobre una opción de menú se muestra en el espacio de datos y acciones el buscador y listado correspondiente a la entidad representada por el menú. Se muestra el ejemplo con el menú convocatorias:
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- Recuperar. Representada por el icono
- Clonar. Representada por el icono
- Información. Representada por el icono
Editar o Modificar elemento
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Al pulsar sobre su icono de acción se mostrará página de detalle del registro, cuyo contenido dependerá de cada entidad particular. Al acceder al detalle de una entidad en modo "ver" no se podrá aplicar ninguna modificación sobre ningún campo.
Eliminar elemento
Añadir nuevo elemento
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La acción eliminar no estará disponible para todos los registros de un listados. La disponibilidad o no de la misma dependerá del estado en el que se encuentre el registro o de la cantidad de información que ya tenga relacionada.
La acción eliminar podrá tener dos comportamientos en función de que la entidad admita o no recuperación. Solo las entidades principales admiten recuperación.
Tras pulsar la acción eliminar sobre un elemento se mostrará siempre un mensaje que pedirá confirmar la eliminación. Es con este mensaje con el que se puede identificar si la entidad admitirá o no recuperación. Los dos mensajes tipo que se mostrarán son:
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En el caso de la Convocatoria será una de las entidades que admiten recuperación, por eso el mensaje de confirmación hace referencia a la desactivación (el campo "Activo" del registro tomará el valor "no" y a efectos prácticos el registro no estará disponible, salvo que se fuerce su recuperación). El segundo caso se trata de la eliminación de una fase dentro de una convocatoria, que no admite recuperación, por eso el mensaje de confirmación hace referencia a la eliminación.
El detalle del comportamiento de la acción eliminar para cada una de las entidades del SGI será proporcionado en el apartado del manual de uso específico para cada entidad.
Recuperar elemento
La acción recuperar solo estará disponible para las acciones que admitan desactivación y no eliminación fija. La acción recuperar solo estará disponible para usuarios con rol administrador. Tras pulsar la opción "recuperar" se mostrará un mensaje de confirmación, tal que:
Si se pulsa "aceptar" sobre el mensaje de confirmación, el registro volverá a estar "activo" y pasará a estar disponible para su utilización en las pantallas correspondientes.
Las entidades que admitan recuperación serán identificadas en el apartado del manual de uso específico.
Información
En el listado de algunas entidades se podrá mostrar el icono de acción "información". A través de este icono se informa de alguna particularidad que pudiera darse sobre el mismo. La información se muestra en formato "tooltip", es decir, es un mensaje de texto que se muestra al pasar el ratón sobre el icono de información. Ejemplo:
Añadir nuevo elemento
La acción de añadir nuevo elemento se proporciona en forma de botón a pie de página o del listado correspondiente, en función de si se trata de una entidad principal o de un apartado de relación dentro de una entidad principal. El aspecto de los dos botones es tal que
| Nueva entidad principal | Nueva relación |
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Al pulsar sobre el botón añadir se mostrará la ventana de detalle correspondiente. En el caso de una entidad principal, por ejemplo "convocatoria", con toda probabilidad será una ventana con varios apartados que compondrán un menú de segundo nivel. En el caso de una relación el detalle podrá mostrarse en una ventana emergente a través de la que se introducirán los campos necesarios para añadir el nuevo elemento.
Detalle de elemento, menú de entidad o de segundo nivel
Tras acceder al detalle de una entidad, bien desde la acción de Añadir nuevo elemento bien desde la acción de Modificar elemento, y en función de la envergadura de la misma, se mostrará un menú de segundo nivel. Las opciones de este menú de segundo nivel representan bloques o apartados de datos de la entidad.
Se muestra el ejemplo del menú que contiene los apartados en los que se desglosa el detalle de la entidad "convocatoria" que es junto con "proyecto" una de las entidades más importantes y representativa del SGI.
El menú de primer nivel se muestra plegado, distinguiendo la opción actual por ser la resaltada con una línea vertical azul 
. El primer nivel se pliega y repliega con solo pasare el ratón por encima. A continuación se muestra el mismo ejemplo, opciones del menú de detalle de una convocatoria, con el menú de primer nivel desplegado:
Elemento de menú de primer nivel seleccionado, plegado y desplegado:
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Elemento de menú de primer nivel no seleccionado, plegado y desplegado:
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Las opciones del menú de segundo nivel, representan apartados o bloques de datos de la entidad, podrían entenderse como pestañas de datos. La opción seleccionada se muestra con fondo blanco y etiqueta de texto resaltada en letra negrita, tal que:
Miga de pan
Apertura de nueva pestaña
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