The Rocker Project
Web oficial https://rocker-project.org/
Si queremos ejecutar un entorno web Rstudio desde nuestro PC o servidor pero no queremos instalar paquetes, librerías o simplemente evitar conflicto de versiones podemos usar Docker. Docker es un software que permite aislar un programa en una especie de virtualización mínima conteniendo todas las dependencias requeridas. Existen imágenes preconfiguradas con casi todo tipo de software usable. The Rocker Project ha creado diferentes imágenes docker para cada versión de RStudio y conjuntos de paquetes típicos (ver la web enlazada arriba y su github).
Ejecución básica
La imagen "rocker/rstudio" ya está publicada y podemos invocarla con el comando docker. Usamos la etiqueta 4.3 como ejemplo de que se puede afinar la versión de R deseada.
Lanzamos directamente una instancia docker montando la carpeta de datos "datadir" dentro del contenedor. Un contenedor docker se volatiliza cuando se destruye y solo lo que depositemos en directorios conectados desde el exterior se va a conservar.
docker run -d --restart unless-stopped -e PASSWORD=<password> -p 8080:8787 -v "$(pwd)"/datadir:/home/rstudio/data rocker/rstudio:4.3
Para comprobar que todo ha ido bien podemos abrir la url http://localhost:8080 en nuestro navegador y ver que nos recibe un formulario de login de rstudio. Usando el nombre de usuario "rstudio" y la contraseña que hayamos puesto en la linea de comandos accedemos al servicio sin problemas.
NOTA1: la línea de comandos incluye un parámetro para que si reiniciamos el equipo, el servicio se levante solo nuevamente.
Ejecución avanzada
Nos referimos en este apartado a la creación de imágenes mejoradas para nuestros fines pero partiendo de la base de otra preexistente. En el siguiente ejemplo querríamos que la imagen ya llevara instaladas las dependencias de OS que necesita el paquete "brms". De forma sucinta, creamos una imagen nueva y la lanzamos en lugar de la estándar.
Paso 1. Creamos un fichero llamado Dockerfile con el siguiente contenido
FROM rocker/rstudio:4.3
RUN apt-get update -y && apt-get upgrade -y
#En la siguiente linea indicamos los paquetes a instalar
RUN apt-get install -y libglpk-dev libglpk-java libglpk-dev libglpk40
Paso 2. Arrancamos el servicio
A la hora de levantar el servicio, usamos la siguiente secuencia (suponemos que el sistema operativo anfitrión es linux)
NOMBRE="mejorada_rocker_rstudio4.3"
docker build -t $NOMBRE -f Dockerfile . #Creamos nuestra primera imagen docker!
docker run -d --restart unless-stopped -e PASSWORD=<password> -p 8080:8787 -v "$(pwd)"/datadir:/home/rstudio/data $NOMBRE
La imagen debe aparacer en "docker images". La instancia arrancada debe aparecer en "docker ps". Ver más en Uso de Docker en Linux
Troubleshooting
"XXXXX : error reading from connection"
Iríamos a menú Session -> restart R